Научная библиотека Евпаторийского краеведческого музея оформилась в 1950-е гг. она насчитывает более 9000 изданий исторической, краеведческой, природоведческой литературы.
Комплектование книжного фонда происходило за счет приобретения книг в книжных магазинах и пожертвований. В 1990-е гг. из городской библиотеки им. Пушкина были переданы разрозненные номера журналов исторического, общественно-политического, литературно-художественного, научно-популярного характера, изданных в конце ХІХ – начале ХХ вв.: «Старые годы», «Современный мир», «Русская старина», «Русская мысль», «Русский вестник», «Русское богатство», «Весы», «Былое», «Отечественные записки», «Голос минувшего» и другие.
В библиотеке имеются дореволюционные издания: Энциклопедические словари Брокгауза и Эфрона, Гранта, Новый энциклопедический словарь, Народная энциклопедия, Русская энциклопедия, «История России» В. Соловьёва.
Фонд периодической печати составляют с 1970 по 1990 гг. газеты, изданные в СССР – «Правда», «Труд»; в Крыму – «Крымская правда», «Курортная газета», «Крымские известия»; в г. Евпатория – «Евпаторийская здравница».
Хранятся специальные и научно-популярные журналы: «Вопросы истории» (с 1946 по 1993 гг.), «Вестник древней истории» (с 1948 по 1995 гг.), «Природа» (с 1948 по 1993 гг.), «Советская археология» (с 1951 по 1995г г.), «Наука и жизнь» (с 1968 по 2002 гг.), а также «Наука и религия», «Декоративное искусство СССР», «Советский музей», « Muzeum» (с 1970 по 1990-е гг.).
В библиотеке имеется систематический каталог.
Читатели допускаются к пользованию фондом библиотеки только по отношению с места работы или учебы, частным заявлениям при наличии паспорта. Книги на дом не выдаются.